В мире, где покемоны живут бок о бок и общаются друг с другом, существуют легендарные сокровища — Шестерёнки Времени, регулирующие течение времени в своих владениях. Если хоть одну из них вынуть из места покоя, время в этой области застынет навсегда, поэтому даже самые злобные покемоны не решаются на кражу. Но в последнее время по всей земле начали происходить временны́е аномалии, порождающие Таинственные подземелья и агрессивных покемонов. Чтобы исследовать эти подземелья, ловить буйных покемонов и поддерживать мир, были созданы отряды покемонов-исследователей.Оказывается, причиной временных аномалий стали вовсе не пропажи Шестерёнок Времени, а постепенное разрушение Храма Времени и превращение Диалги в Тёмную Диалгу. Печально известный вор Джуптайл похищал Шестерёнки Времени, чтобы доставить их в Храм Времени и остановить его разрушение. Отряду исследователей «Team Pokédans», в состав которого входят Хикозару и бывший человек Почама, предстоит объединиться с Джуптайлом и отправиться в Землю Фантомов, где находится Храм Времени. Если троице не удастся справиться с задачей, Храм Времени рухнет окончательно, и весь мир навеки застынет во времени...