Сакаки, лидер команды «R», находит сбежавшего Мьюту в одном из отдалённых районов региона Джото и собирается вновь поймать его, похищая и используя в качестве приманки его подопечных, покемонов-клонов.
В это время Сатоши и его друзья попадают в плен к новому члену команды «R» — Домино. Начинается битва за жизнь, во время которой Мьюту предстоит понять, есть ли у покемонов, созданных с помощью науки, предназначение в жизни.