Тренер покемонов Кэнта встречается со своей давней подругой Мариной в Центре покемонов. Ребята устраивают битву, чтобы узнать, насколько сильнее они стали с их последней встречи, но поединок прерывает совершенно внезапно начавшаяся гроза. Выясняется, что за этим стоят члены команды «R», Башо и Бусон, использующие так называемую систему «Кристалл», которая притягивает всех покемонов электрического типа. Их цель — захватить легендарного покемона грома Райко и доставить его Доктору Ширануй для последующий жестоких экспериментов. Смогут ли главные герои противостоять злоумышленникам?