Путешествие Сатоши и его друзей по региону Калос продолжается!
После того, как Сатоши получает свой седьмой значок, он вместе с компанией друзей отправляется в следующий город. Но в пути Юрика неожиданно обнаруживает у себя в сумке таинственного покемона, устроившегося там отдыхать. Даже новые покедексы Сатоши и Серены не могут определить его тип. Друзья назвали нового покемона Пуни-чан. И вскоре выясняется, что за ним охотится странная группа людей в красных костюмах, известная как команда «Вспышка». Но Сатоши с друзьями намерены до конца защищать Пуни-чан и не отдать его в руки злодеев с неизвестными целями.
Истории, показанные в «Покемон XY» и в «Покемон XY: Мега-эволюция» пересекаются, и Сатоши с друзьями, а также команда «Ракета», становятся участниками событий, которые могут представлять опасность для всего региона Калос!