В незапамятные времена, когда Земля оказалась на пути столкновения с метеоритом, легендарный покемон Аркеус использовал свою силу, чтобы отвести опасность. Однако из-за этого подвига 16 Скрижалей, окружавших его, рассеялись по всему миру. Лишившись жизненной энергии, которую давали Скрижали, Аркеус начал умирать. Человек по имени Дэймон сумел найти одну из Скрижалей и вернул её умирающему покемону, помогая ему восстановиться. В награду Аркеус создал Жемчужину Жизни и отдал её жителям городка Мичина с условием, что её вернут обратно, но люди отказались и присвоили Жемчужину себе. В разгоревшейся битве Дэймон погиб, а Аркеус погрузился в сон, поклявшись покарать человечество, когда вернётся.Сатоши и его спутники прибывают в городок Мичина, где встречают Шину, потомка Дэймона, которая утверждает, что владеет Жемчужиной Жизни и намерена вернуть её Аркеусу, когда тот пробудится.Однако ситуация принимает неожиданный оборот: несмотря на все благие намерения Шины, Аркеус остаётся неудовлетворён. Теперь Сатоши предстоит предотвратить уничтожение всего человечества, ведь гнев Аркеуса вызывает искажения в самой ткани вселенной, приводя в ярость легендарное трио — Диалгу, Палкию и Гиратину — и нарушая равновесие мира.