Сбежав от Черного призрака, киборги, которые когда-то восстали против гнусной организации, мирно живут своей жизнью по всему миру. Однако, когда странный монстр, похожий на динозавра, начинает использовать звуковые волны для нападения на людей и города, доктор Айзек Гилмор приходит к выводу, что за это должен отвечать Черный Призрак, и быстро пытается воссоединить киборгов. Возглавляет группу харизматичный Дзе Дзё Симамура, также известный как Киборг 009, а к новому сопротивлению присоединяется таинственная Хелена, которая утверждает, что осиротела в результате нападений монстра. Используя "Дельфин" — их подводный летательный аппарат, обладающий противозвуковым оружием и средствами противодействия, - киборги отправляются на поиски монстра и нового убежища Черного призрака.