Когда Дзе Дзё Симамура попадает в серьезную автокатастрофу, незнакомые люди быстро загружают его тело в поддельную машину скорой помощи. Его доставляют в штаб-квартиру Black Ghost, организации, которая поощряет человеческие конфликты, чтобы получать прибыль от войн. Именно здесь Дзе возрождается в качестве могущественного киборга 009. Не желая служить орудиями разрушения, 009 и другие киборги восстают и убегают, чтобы спокойно прожить свою жизнь. Черный призрак, однако, не желает отпускать киборгов, которых они считали своим супероружием, без боя.