Прошло три года после событий, развернувшихся «Приключениях Дигимонов 02».
Главные герои сталкиваются с различными подростковыми проблемами — в дружбе, любви и учёбе. Они уже не так близки, как были раньше, и медленно отдаляются друг от друга.
В один день, когда у Таити должен был состояться футбольный матч, а у Ямато — концерт с его группой, в Японию из Америки прилетела в гости Мими. В это же время в наш мир проник Дигимон и напал на город перед глазами у Таити. Парня уже было загнали в угол, как вдруг появился Агумон и помог ему.
Выясняется, что некоторые Дигимоны в цифровом мире были заражены. Теперь все Дигимоны-партнёры вернулись обратно к своим избранным детям, чтобы вместе снова спасти наш и цифровой миры.
Груз, который обрушивается на плечи наших героев, становится для них слишком тяжёлым. Они начинают испытывать страх, неуверенность в себе, поддаются давлению со стороны прессы и окружающих людей. Ко всему прочему, в городе объявляется новый избранный ребёнок.
Хоть главные герои и рады вновь увидеть своих старых друзей Дигимонов, им предстоит преодолеть множество трудностей.