После событий 02 все, наконец, возвращается на круги своя. То есть до тех пор, пока в компьютерных системах по всей Японии не начнет появляться странно знакомый значок. И не только компьютерные системы... Телевизоры, мобильные телефоны, видеоигры; все, что имеет экран с онлайн-возможностями. И эта иконка, похоже, кого-то ищет... Ягами Таити Ягами и Исида Ямато Исида, который победил его несколькими годами ранее. Да, оказывается, что этот дигимон-медуза на самом деле является Диабломоном, дигимоном вирусного типа, который был побежден во втором фильме. Но на этот раз он научился делать себя физическим и отправляет тысячи своих копий в реальный мир. Коуширо и Кэн Итидзёдзи разрабатывают план, как избавить мир от вируса раз и навсегда, но для этого потребуется помощь всех Предначертанных, прошлых и настоящих. И снова это гонка со временем, чтобы положить конец заговору Диабломона... но даже это скрыто в тени. Будет ли возрождения Омегамона достаточно, чтобы остановить Диабломона во второй раз, или миллионы копий окажутся достаточным стимулом для того, чтобы отмахнуться от "Дигимона- поборника справедливости"? Конечно, он не видел ни новой породы Избранных, ни новых техник. Это борьба до конца, на кону стоит разрушение Токио.