Зойды - звероподобные боевые машины, которые используются как в повседневной жизни, например, для транспортировки грузов, так и на войне. Существует особый вид зойдов - миниатюрные Органоиды, которые, по сути, являются живыми существами, способными сливаться с обычными зойдами, невероятно усиливая последних.
Ван Флайхет обнаруживает Органоида на заброшенной лаборатории, убегая от двух зойдов, пилотируемых незнакомцами. Там же обнаруживается таинственный сосуд, в который помещена странная девушка. Ван, спасаясь от преследования, разбивает сосуд, освобождая пленницу, и убегает с ней, прихватив Органоида. Тот, увидев поврежденного зойда, сливается с ним и ликвидирует неисправности. Ван решает оставить Органоида при себе как друга и называет его Зеке. Девушку, которую он спас, зовут Фиона (Elisi "Fiona, Fine" Linette), и ей необходимо найти некоего зойда по имени Ева.
Итак, Ван, Фиона и Зеке отправляются навстречу приключениям.