Аято Камина был разлучен с девушкой, которую он любил, Харук Мисимой, когда произошло событие, которое, как считалось, убило всех за пределами Токио. Но однажды, три года спустя, захватчики внезапно напали на город. Именно тогда он встречает агента ТЕРРЫ, Харуку Сито, которая говорит ему, что она расскажет ему правду о мире. Это начало серии странных событий, в ходе которых он активирует гигантский механизм, Раксефон, и узнает, что у многих людей, включая его собственную мать, голубая кровь, и что на самом деле он жил в замкнутом измерении, где время течет медленнее, чем во внешнем мире.