В 2220 году Земле грозит катастрофа — на неё надвигается расширяющаяся чёрная дыра. Разрабатывается план по эвакуации более 300 миллионов человек с планеты. Когда новейший транспортный флот подвергается нападению, на его защиту приходит космический линкор «Ямато», которым теперь командует Сусуму Кодай. На борту корабля также находится Миюки Кодай — дочь Сусуму и Юки Мори.