Спустя несколько лет после событий The Fruit of Grisaia...Некогда «Академия Михама» — тихая обитель для юных девушек — теперь превратилась в тренировочную школу SORD (Специальной организации исследований и разработок), где готовят кадры для нужд национальной обороны. Рэна Фуками и Маки Инохара специализируются на огнестрельном оружии, Тока Шишигая и Гуми — мастерицы снайперской стрельбы, Крис отвечает за взрывчатку и обработку данных, а Мурасаки Икома — искусная ниндзя, ведущая разведывательные операции. Вместе они берутся за дела, слишком сложные для полиции или сил самообороны, снова и снова оказываясь на грани смертельно опасных миссий. Это история этих юных девушек, написанная кровью и порохом.