Beast Wars Second рассказывает о новых героях, действие разворачивается спустя много лет на постапокалиптической Земле, ныне известной как планета Гайя. Кибертронцы во главе с Лио Конвоем отправляются на планету, чтобы разобраться в необычных изменениях, происходящих с ней, и тем самым помешать Дестронам во главе с Гальваатроном, стремящимся поглотить её богатые