После событий серии "Синий дракон" Шу и Буке присоединяются к группе сопротивления, чтобы сражаться с армией вторжения генерала Роги.Они встречают таинственного ребенка, Ноя, который обладает силой оживить теневую противоположность Шу, Синего дракона, и спасти ее от преследования красного дракона. Теперь Шу и его компании предстоит снова отправиться в путешествие, чтобы узнать предназначение драконов, пройти их испытания и остановить цепь событий, угрожающих судьбе человечества.