15 июля 2043 года в продажу поступила игра с полным погружением Infinite Dendrogram. Уникальная система Embryo позволяла её игрокам следовать по огромному — нет, по бесконечному — количеству вариантов развития. До сих пор осуществление подобного считалось технически невозможным в VRMMO, поэтому появление Infinite Dendrogram стало событием мирового значения.
Два года спустя, успешно сдав вступительные экзамены в Токийский университет, Рэйдзи Мукудори начинает самостоятельную одинокую жизнь в большом городе. Чтобы отметить долгожданное окончание длительной и тяжёлой подготовки к экзаменам, он наконец погружается в мир Infinite Dendrogram, куда его давно уже приглашал его старший брат Сюити.