Подготовка к новому наступлению на Нейрои — таинственную расу инопланетных захватчиков — идёт полным ходом. Цель — защитить Берлин, столицу империи Карлсланд, что необходимо для уничтожения угрозы Нейрои из Европы. Однако, поскольку враг способен ежедневно приспосабливаться к условиям боя, союзных сил при нынешнем развитии технологии штурмовых ведьм может оказаться недостаточно для достижения победы.
Тем временем ведьма из Фусо Йошика Мияфуджи продолжает своё медицинское образование в Лозанне. Оправившись после недавнего инцидента, лишившего её магической силы, она жаждет помочь в военных действиях. Вскоре раздаётся призыв к бою, и разрозненные ведьмы 501-го объединённого истребительного крыла должны вновь собраться для последнего рывка против врага.