Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в Nerv появляются два новых пилота: пилот павшего в первом же бою Евангелиона-05 Мари Илластриэс Макинами и пилот Евы-02, а позже Евы-03 Аска Лэнгли Сикинами.
В то же время Гэндо Икари и Seele приступают к проекту совершенствования человечества, в котором задействованы Рей с Синдзи и загадочный мальчик Каору Нагиса.