На дне океана Арсен Люпен III снова охотится за сокровищем, надеясь заслужить расположение Фудзико Минэ. Пока Коити Дзэнигата преследует их на суше и на море, люди из окружения банды начинают таинственным образом исчезать. Сгущается туман, и в яркой вспышке света появляется Мамо Кёсукэ: он утверждает, что прибыл из будущего и жаждет отомстить Люпену III за то, что натворил Люпен Гоэмон Исикава XIII. Мамо забрасывает Люпена, Дзигэна, Гоэмона и Дзэнигату на 500 лет в прошлое — туда, где две враждующие группировки бьются за легендарное святилище, посвящённое путешествиям во времени. Теперь Люпену предстоит выжить в прошлом, чтобы обеспечить себе будущее.