Фильм раскрывает противостояние Железного Человека и злодея Ezekiel Stane, разрабатывающего новые био-технологии, которые должны превзойти броню Железного Человека. Stane организовывает теракт и подставляет Тони Старка, Железный Человек должен победить S.H.I.E.L.D и найти способ очистить своё имя.