История начинается с того, что ученик старшей школы Казуки Муто однажды ночью погибает, защищая девушку от монстра... и тут же просыпается в своей постели, чтобы увериться, что это был всего лишь сон. Однако скоро он выясняет, что случившееся вовсе не было сном — гигантский монстр, напоминающий змею, нападает на Казуки и его сестру. Токико Цумура — девушка, которую он, как оказалось, всё-таки спас, объяснила ему, что монстр этот — гомункул. Спасая её, Казуки был атакован и убит чудовищем. Однако она, испытывая чувство вины из-за произошедшего, воскресила его, поместив в его грудь магический медальон какуганэ, призванный заменить сердце.
Какуганэ, по словам Токико, некое алхимическое устройство, которое, будучи активированным, принимает особый вид, зависящий от того, кто его использует, формируя таким образом уникальную Бусо Рэнкин (рус. «боевую алхимию»). Бусо Рэнкин — единственное, что может уничтожить гомункула. Используя какуганэ, Казуки создаёт свою Бусо Рэнкин — «Сердце солнечного света», внушительного вида копьё. Вместе с Токико, владеющей Бусо Рэнкин под названием «Юбка Валькирии» (смертоносная коса), Казуки вступает в войну против гомункулов и их хозяина.