Во втором сезоне история продолжается именно там, где она была прервана ранее. Ферментационный погреб и лаборатория профессора Кэйдзо Ицуки готовы к работе, и благодаря уникальному дару Саваки Тадаясу Соэмон Саваки видеть микробы и общаться с ними, разношерстная группа студентов Ицуки приступает к переработке различных ферментированных продуктов, таких как соевый соус и сакэ.