История разворачивается неподалёку от Окинавы, на острове Ивадо, где последнее время сильны сепаратистские настроения.
Здесь живёт старый доктор Тошио вместе с 13-летним парнишкой по имени Ао Фукаи, в детстве потерявшем родителей. Его отец погиб, а мать 10 лет назад похитили неизвестные. Неподалёку от них проживает с семьёй подруга Ао - Нару Арата, обладательница мистической силы «Юта», пробудившейся в ней с несчастным случаем в детстве.
И вот однажды на острове появляется таинственная организация, именующая себя «Secret», начавшая уничтожать ближайшие залежи Скаб Коралла. Ао, пытаясь защитить свой дом любой ценой, пробирается на японский военный корабль и запускает там LFO «Нирваш»...