События фильма развиваются сразу после окончания строительства космического подъёмника «Эндимион» в Академия-Сити. Главный герой Тома Камидзё и его подруга Индекс случайно сталкиваются с Арисой Мэйго, эспером нулевого уровня.
По непонятным причинам «Ассоциация магов» преследует Арису и нападает на Академия-Сити. Чтобы защитить город от угрозы, образуется движение сопротивления, которое возглавляет Шатаура Секвенция. Позднее главные герои узнают от Стэйла Магнуса, что их новую знакомую, Арису, могут использовать как средство для разжигания войны между миром Магии и миром Науки...